为何只有薄层的熔岩流才有紫水晶呢? 有人将这两种厚度的熔岩流在显微镜下相对比较，薄层熔岩流有着较为细的矿物颗粒，并且包含了较多火山玻璃质于其中，研究热水反应过程的人很快就指岀这个即可能为关键性差异，因为火山玻璃相当容易受到热水反应、溶解，能提供流体大量的硅质物质，而细颗粒的矿物则因为相对表面体积比的关系，远比粗颗粒的矿物颗粒更容易受到化学风化作用。
受到开采紫水晶的Type I 薄层熔岩流，可见其灰色的玄武岩厚度约有15~20m厚
因为这些基本因素，让在这些较薄的熔岩流岩体中流动的流体能含有较高的矿物质，而这些含矿的流体，就容易在熔岩流孔隙中沉淀出水晶等矿物。
所以紫水晶矿的成因关键，主要是受控于其玄武岩熔岩流是否能容易产生含矿流体，以及另一个我们还未提到的重要关键: 孔隙，而它就是造就紫水晶晶洞外形的重要因素。
紫水晶晶洞的两种孔隙成因学说
目前形成这些市面上常见紫水晶晶洞的孔隙成因有两套说法，一套是较为传统的玄武岩气孔学说，而另一套则是热水溶蚀学说，两个其实都有所根据。
紫水晶晶洞的孔隙成因(一) 玄武岩气孔：
玄武岩我们都知道它曾经是火山所喷出的流动熔岩，而这些热呼呼烧死人不偿命的火山熔岩从地底喷发至地表之时，除了含有熔融状态的岩石之外，另外也含有大量的气体。这些气体多半以二氧化碳、硫化氢等的火山气体为主，在熔岩中以“气泡”的状态存在着。一般而言，这些“气泡”的大小变化颇大，视条件而异可由微米等级至数公分、甚至数公尺大小。
当这热呼呼的火山岩浆慢慢冷却、凝固后，成为所谓的玄武岩之时，原先包含在其中的“气泡”，就成为坚硬火成岩中的一空洞了。这些空洞，或称孔隙，在后期含矿的热水或是流体侵入后，在其中开始沉淀许多了矿物晶体，形成所谓的 “晶洞”。 而这些气孔的外形、大小则控制着我们现今市场上所见的紫水晶晶洞的外形。
在矿场内，许多这类的晶洞以奇特的圆柱状、钟状的外形出现在玄武岩中，透过仔细小心的移除一旁的玄武岩，将整颗气孔取下、修整，就成为目前到处可见的紫晶洞摆饰了。
紫水晶晶洞有着原始气孔向上拖曳的外貌
有人针对紫水晶晶洞的外形特别提出了一些理论解释，其中最广为接受的是气泡迁移的说法。其理论其实很简单，主要是针对于喷发后的火山熔岩还是以高温的状态在地表上流动之时，其中的火山气体则因为浮力、以及熔岩相对黏滞度的关系，聚集成一大气泡且慢慢的往熔岩流浅处迁移，这样向上移动的过程当中产生了如此管状、钟状的向上拖曳构造。在熔岩流冷却之后，这样即产生这些大型气孔了，而这些大气孔在后期的热液沉淀之后即产生了紫水晶晶洞。
利用数字仿真的方式，解释熔岩中的气体因浮力的关系上迁所产生的外貌
紫水晶晶洞的孔隙成因(二) 热水溶蚀：
这个学说其实是较为新的一个说法，是否能广为接受还需要一点时间验证。其主要的说法是谈到当熔岩流降温之时，它的岩石强度性质开始由塑性转为脆性，在熔岩流的内部产生了许多裂隙，而这些裂隙为后来由下方往上侵入的热液所反应，慢慢的溶解出结晶紫水晶的孔洞，而紫水晶也在同时间形成。这个说法的根据是来自许多紫水晶晶洞都伴随着角砾岩化的作用，在野外的观察上也有许多证据显示角砾岩化作用可能是发生在真正紫水晶发育之前，而单纯的熔岩流气体往上迁移的说法是无法解释角砾岩的存在的。
以上这两个说法，或许两个都可能存在，看看市面上紫水晶的大小，我们大概可知道这些气孔可说是玄武岩中的巨无霸，今天若是跑到同样以玄武岩组成的澎湖望安地区，要想看到这样大小的气孔还真是不容易，多只能看到公分级的大小，充填着沸石、霰石等矿物。这可见拉丁美洲这些火成岩体的独特性了。
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