蜜蜡和琥珀之所以有那幺多种天然色彩，是受不少其他各种因素的影响。它们的原因各不相同，几千万年前还是树脂时，是源自松柏科树木的属种；分沁方式，内部结构，成分和所含琥珀酸(SUCCINICACID又称为于二酸)等各异。
老早挖掘出来的蜜蜡和琥珀，由于长期和空气接触，受到了更多的氧化，色彩也会变的更深，例如有些品种因氧化时间较为悠久，由红变成深红。波罗的海形成琥珀的地层中，有很多是属于蓝土层的，含酸化铁，石灰，朱砂等物质，故大多数琥珀变成金黄，桔黄，棕色，蓝色和赤色。
上古时代，树脂埋入的地层深浅各异，所接受的地热和压力便有着差异，加上自身的结实疏松程度与气泡的含量多少各不相同，致使外在化学元素的进入质量也不一样。
地层的色沁甚多，像古玉埋在地下日久，摩氏硬度到达六度也相同受沁；何况是通常蜜蜡和琥珀摩尔硬度低至二度至三度！地层一些化学物质随水银和地水的活动，渗进蜜蜡和琥珀中，便影响蜜蜡色彩的改变。
若是蜜蜡和琥珀内总的裂绺较多的话，便更易吸收外来物质，发生光线的折射效果。例如进入石灰(含炭酸)或氧化钛，可使琥璃变蓝，进入硫或硫化物，就简单变绿，一起带有荧光。有些硫酸铀渗进蜜蜡中，也会使之变绿，并且使比重增至一点一二以上。
它们数千万年来，长期遭到水浸土蚀，受缓慢天然地热所影响，或气候骤冷等要素影响。受地热愈久，色彩愈深，故老蜜蜡和老琥珀随时间发展而逐渐变深色。现在的新天然蜜蜡，缺少深色的风化层，大都颜色比较浅。
地层的土质、湿度、酸碱度和所含的化学成分，对琥珀和蜜蜡色彩的构成影响很大。例如罗马尼亚构成琥珀的地层，有好几个不同地质年纪，除了影响琥珀的石化程度之外，有些是腐殖土(HUMUS，又称为黑泥)较多的，含硫磺酸，使琥珀的色彩变深，像变成咖啡色，乃至外层变成近乎黑色或墨绿色。
有些早期从地层冲刷到海中的漂浮海珀，持久浸于海水中，色彩变成很透明的金黄(金珀)和细腻的透水绿(非常清淡和极透明的嫩绿)，皆为极品。
在加勒比海的多米尼加，由于有些土层构成时间不是很长久，故大多数琥珀的色彩昏暗和质地较脆，但小部分地层含硫量或含炭酸的量较多，故也有形成珍稀的绿珀和蓝珀。
