据说，利用水晶进行静坐冥思是协调自身能量的方法之一。在此之前，先要为水晶消磁，净化其能量。
冥想可以消除杂念。它有很多益处，例如缓解压力、降低血压等。在静默的氛围中，敞开心灵与水晶交谈，有助于培养默契。
在冥想中，仿佛开启了另一个世界的大门（你选择的水晶如果含有斑纹与内包物，效果更好）。在这一过程中，你将经历忘我、宁静、百虑顿消直至觉悟。你只需花几天时间与你的水晶共冥想，便可以完全了解它们的特性了。
有些水晶爱好者在熟悉了他们的水晶后，会不时地与水晶一起冥想：他们会先用红水晶唤醒和补充能量，让它的力量穿过体光（即在人体外围自然形成的一层层肉眼所不可视的彩虹光芒），进入人体七重轮穴的色光中——包括橙色、黄色、绿色、蓝色、紫色、紫罗兰色和无色。这个时候，冥想者将会感受到最强烈的水晶振动，体验到无比愉悦的感觉。冥想结束之后，一般来说，他们还需要用黑色水晶来稳固能量——注意，这一步骤非常重要，否则，这些冥想者很可能会出现精神恍惚、走火入魔的恶果。波基宝石能迅速让你完全回到现实中来，且没有副作用。
冥想时要注意以下事项：
环境要清净，特别是要避免电话的干扰。
双手捧着水晶，或者将它放在面前的小方台上，感觉自己正渐渐与水晶融为一体。
闭眼，轻呼吸，让呼吸逐步进入一种舒缓的节奏中。记住吐气要比纳气略长。吐气时，将所有的压力和紧张情绪一起排出体外。纳气时，让宁静祥和浸润全身。
慢慢睁开双眼，集中念力，注视着你的水晶，注意它的颜色、形状和重量。静心感觉它传递到你手上的振动。一切就绪时，闭上双眼。全神跟随水晶的能量冥想，让自己遨游在水晶的世界，努力发掘它的内在。
冥想完毕，睁开双眼，把水晶收好。起身后，可以手握茶水晶或波基宝石来稳定能量。
