（1）日光照射法：将水晶放置在阳光下晒数小时，用阳光净化水晶。但此法不适用于紫水晶、黄水晶或粉晶等等有色宝石，因为长时间曝晒会导致其含有的铁或铜元素被氧化，从而改变水晶内部的分子结构导致退色。
（2）低温净化法：用保鲜膜把水晶密封后，放置于冰箱冷冻室内一晚，就可达净化效果。但水晶从冰箱里取出后，不能急于佩戴，而应让其慢慢地自然解温，否则水晶会遭到损坏。（3）香薰净化法：点燃纯净的香薰精油，将水晶放在香薰炉旁，可以有效净化水晶。
（4）海盐净化法：在容器中盛满海盐水，然后放入水晶，纯天然海盐散发的海洋净化力能净化水晶。浸泡一晚后将水晶冲洗干净，让其自然风干即可。但有配件的水晶不宜使用此法，因为配件会受到海水的侵蚀。
（5）念力净化法：可以请大师或师父加持来净化水晶。有空的时候也可以自己对着水晶念念大悲咒或心经，这样有助于水晶更好地与自身保持一致的频率。
（6）溪水净化法：在未经污染的溪流旁清洗，可以让水晶受到大自然的正能量净化。
（7）活水清洗法：如果找不到溪流，也可以在家中用流动的自来水冲洗水晶约十分钟，之后让其自然风干即可。
（8）晶洞、晶簇净化法：水晶在佩戴后，收纳在晶洞内或晶簇上，水晶内的负性能量可以被有效清除。
（9）大地掩埋法：将水晶埋在未受污染的土地中，经过至少一个月可以达到较好的净化效果。
（10）庙宇过香法：在人气鼎盛的大庙（阳庙）中，让水晶感受法力加持，得到净化。
（11）音乐净化法：充满平和及正面的音乐，如佛教音乐，西方教义的福音歌颂等，可以让水晶得到净化
