说到碧玺的瑕疵，大部分人都会想到那些令碧玺的美丽程度大打折扣的瑕疵，如碧玺表面和内部的裂纹，晶体内部的云雾状棉絮和包裹体。瑕疵也包括后天加工和佩戴过程中人为造成的抛光纹、刮痕、破损，下面详细的讲讲碧玺瑕疵的定义。
根据宝宝石的生长的地质环境、化学成分以及物理性质等因素，可以将碧玺宝石分成三个类别。
第一类 净度较高的宝石，比如托帕石和黄水晶，这类宝石一般对净度的要求比较高，以肉眼完全见不到任何内含物和瑕疵为好。
第二类 通常有内含物的如碧玺，内含物肉眼比较容易看见，对净度的要求不如不会像第一类宝石那样高；
第三类 宝石因为先天生长的环境恶劣，基本上都有内含物，但是有明显内含物的宝石也可以用来制作饰品，人们普遍接受这类宝石的缺陷，因为这一类别中比较完美的几乎没有。
世界上没有绝对完美的宝石，碧玺也不例外。大自然在创造绚烂多彩的碧玺时，没有忘记在宝石上留下可爱的印记，就像胎记一样，就像一句典故“金无足赤，人无完人”。其实正是这些瑕疵让碧玺更加稀有、美丽甚至成为鉴定过程中不可或缺的依据。这些瑕疵伴随着宝石经过漫长的洗礼，直到被人们发现和雕琢。
