水晶会吸收和散发能量。在挖掘和运输过程中，甚至在它等待出售或是被人使用之后，水晶都会吸收到负面能量。新买来的水晶需要净化，而且所有的水晶都需要经常清洁，才得以保持能量的最佳状态。
净化工作的重要性
为水晶进行净化，是水晶使用过程中一件重要的例行要务，有些要花好几个小时，有些只要一两分钟就够了。每一种水晶依其质地不同，净化方法也各不相同。例如，质地较软或易脆的水晶就不能浸泡在水中，外表光滑的水晶则要小心不能将它刮伤。
清洁水晶时的精神要非常专注，这样水晶的负面能量才能在清洗的过程中转化为正向，而且重新充满新的能量。
你也可以用大自然，像是太阳、月亮或是之物来净化水晶，去除负面能量。只要依据水晶的质地类型和你个人的方便，来选择清洁的方法就可以。
清洁水晶的方法
水晶会从周围环境吸收能量，因此你新买来的水晶一定会留有之前握过它的人的能量，摆放在屋内的水晶会吸收环境中的能量波动，同理，戴在人身上当做装饰或护身避邪的水晶也一样。治疗或护身用的水晶一定是会吸收能量的水晶。有些水晶可以改变人的能量波动，因此常被用来吸引异性或聚财。水晶会吸收你的负面能量，之后正向的能量才能够释放出来。一定要暗示净化水晶所累积的负面能量；你可以每天清洗或是每次做完治疗就清洗，如果是用来佩戴或装饰用的，可以一星期或一个月清洗一次即可。
用水净化水晶：
一般这种方法可以分为两种：一是以盐水浸泡，大部分的水晶都喜欢被浸泡在海盐水中，一两个小时之后，再用清水浸泡一下，然后沥干让它们在日光下自然风干，以重新补充能量；二是青水晶冲洗，把水晶放在掌中，置于流动的的河水中或是家里的水龙头下冲洗，都可以很快让水晶恢复洁净和补充能量。冲洗完毕之后，同样置于日光下自然风干即可。
烟熏法：
燃烧以鼠尾草、西洋杉或香草作成的熏香棒，并用羽毛轻煽，让水晶在熏染中得到净化；
视觉想象法：
想象一整排白色或黄色灯光，正环照着这块水晶，这样的想象法也可以让水晶得到净化，改变其能量，维持这个视觉化想象一段时间，直到水晶重新变亮为止。
